COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-25 17:00:00 1.775483 1.775483 2.042810
2021-06-24 17:00:00 8.110946 2.231679 2.089984
2021-06-23 17:00:00 1.909140 1.909140 2.148234
2021-06-22 17:00:00 1.718991 1.718991 2.178431
2021-06-21 17:00:00 2.278901 2.278901 2.276128
2021-06-20 17:00:00 2.231679 2.231679 2.367027
2021-06-19 17:00:00 2.156796 2.156796 2.452895

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-25 17:00:00 1.424288 1.424288 1.833756
2021-06-24 17:00:00 3.956479 2.176063 1.870324
2021-06-23 17:00:00 1.792115 1.792115 1.930645
2021-06-22 17:00:00 1.160714 1.160714 1.980430
2021-06-21 17:00:00 2.512563 2.101968 2.040066
2021-06-20 17:00:00 1.749838 1.749838 2.054188
2021-06-19 17:00:00 1.715686 3.130590 2.112523

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-25 17:00:00 2.749141 2.749141 4.617145
2021-06-24 17:00:00 9.210526 4.276316 5.050959
2021-06-23 17:00:00 4.109589 4.109589 5.273538
2021-06-22 17:00:00 5.306122 4.467354 5.627866
2021-06-21 17:00:00 4.878049 1.381693 5.576427
2021-06-20 17:00:00 13.235294 13.235294 5.851539
2021-06-19 17:00:00 4.391892 4.391892 5.886504

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-25 17:00:00 1.817335 1.817335 2.116222
2021-06-24 17:00:00 1.342883 1.342883 2.231645
2021-06-23 17:00:00 2.626421 3.040617 2.332111
2021-06-22 17:00:00 0.714586 0.714586 2.369703
2021-06-21 17:00:00 2.247191 0.925283 2.471030
2021-06-20 17:00:00 3.716449 2.511628 2.575854
2021-06-19 17:00:00 4.946524 4.946524 2.693011

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-25 17:00:00 5.153949 5.153949 6.977905
2021-06-24 17:00:00 7.881773 7.881773 7.101164
2021-06-23 17:00:00 7.580979 7.580979 7.486136
2021-06-22 17:00:00 7.574537 7.574537 7.860939
2021-06-21 17:00:00 12.449799 12.449799 8.181995
2021-06-20 17:00:00 9.658422 9.658422 7.804788
2021-06-19 17:00:00 6.414398 6.414398 7.099495

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-25 17:00:00 4.552716 4.552716 4.714812
2021-06-24 17:00:00 4.828974 4.828974 4.867105
2021-06-23 17:00:00 3.260225 3.260225 4.869654
2021-06-22 17:00:00 2.591284 2.591284 4.744062
2021-06-21 17:00:00 9.782609 9.782609 5.063997
2021-06-20 17:00:00 6.013180 6.013180 5.315352
2021-06-19 17:00:00 6.296547 6.296547 5.495754

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-25 17:00:00 1.936108 1.936108 1.401004
2021-06-24 17:00:00 -0.068666 2.420136 1.420019
2021-06-23 17:00:00 0.903614 0.903614 1.467982
2021-06-22 17:00:00 1.473477 1.473477 1.456323
2021-06-21 17:00:00 0.692042 0.195027 1.413073
2021-06-20 17:00:00 0.608167 0.608167 1.405569
2021-06-19 17:00:00 0.918555 1.462701 1.469411

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-25 17:00:00 3.067071 3.067071 2.869701
2021-06-24 17:00:00 2.784156 2.784156 2.885690
2021-06-23 17:00:00 2.898984 2.898984 2.954436
2021-06-22 17:00:00 2.191294 2.191294 2.980116
2021-06-21 17:00:00 3.347478 3.347478 3.004336
2021-06-20 17:00:00 2.375131 2.375131 3.072885
2021-06-19 17:00:00 2.594400 2.594400 3.169951

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-25 17:00:00 0.682594 0.682594 1.062710
2021-06-24 17:00:00 0.328407 0.828500 1.125834
2021-06-23 17:00:00 0.200401 0.817996 1.199884
2021-06-22 17:00:00 0.775795 0.775795 1.205245
2021-06-21 17:00:00 1.109570 1.109570 1.224573
2021-06-20 17:00:00 1.453958 1.453958 1.226683
2021-06-19 17:00:00 7.909605 7.909605 1.254651

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-25 17:00:00 1.087221 1.087221 1.133895
2021-06-24 17:00:00 1.327737 1.327737 1.174159
2021-06-23 17:00:00 1.179755 1.179755 1.230537
2021-06-22 17:00:00 1.218333 1.218333 1.261192
2021-06-21 17:00:00 1.367606 0.693371 1.262948
2021-06-20 17:00:00 1.154275 1.154275 1.319168
2021-06-19 17:00:00 1.064387 1.528758 1.372200

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-25 17:00:00 1.591187 1.591187 1.511198
2021-06-24 17:00:00 1.336303 1.336303 1.543099
2021-06-23 17:00:00 1.090909 1.090909 1.601938
2021-06-22 17:00:00 1.818182 1.818182 1.618772
2021-06-21 17:00:00 0.000000 1.491101 1.579201
2021-06-20 17:00:00 1.547988 1.547988 1.649893
2021-06-19 17:00:00 1.357082 1.357082 1.729358

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-25 17:00:00 1.036269 1.036269 1.195033
2021-06-24 17:00:00 1.829268 1.829268 1.225305
2021-06-23 17:00:00 0.402414 0.402414 1.211738
2021-06-22 17:00:00 0.280899 0.280899 1.305310
2021-06-21 17:00:00 0.000000 0.000000 1.334782
2021-06-20 17:00:00 2.558635 2.558635 1.346506
2021-06-19 17:00:00 1.763224 1.763224 1.363598

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-25 17:00:00 3.030303 3.030303 3.416775
2021-06-24 17:00:00 2.439024 2.439024 3.468789
2021-06-23 17:00:00 4.830918 4.830918 3.572897
2021-06-22 17:00:00 1.587302 1.587302 3.694892
2021-06-21 17:00:00 4.545455 1.744186 3.658764
2021-06-20 17:00:00 5.298013 5.298013 3.863962
2021-06-19 17:00:00 4.469274 4.469274 4.312937

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-25 17:00:00 1.111111 1.111111 0.873512
2021-06-24 17:00:00 0.650407 0.650407 0.928726
2021-06-23 17:00:00 1.369863 1.369863 0.911663
2021-06-22 17:00:00 0.509338 0.509338 0.934700
2021-06-21 17:00:00 1.197605 0.332226 0.916691
2021-06-20 17:00:00 0.521512 0.679117 0.966063
2021-06-19 17:00:00 0.849257 1.328904 1.002547

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-25 17:00:00 0.695134 0.695134 0.861034
2021-06-24 17:00:00 0.825120 0.825120 0.904843
2021-06-23 17:00:00 1.123348 1.123348 0.948789
2021-06-22 17:00:00 0.837989 0.837989 0.992317
2021-06-21 17:00:00 0.920387 0.423280 1.074665
2021-06-20 17:00:00 0.822499 0.822499 1.139693
2021-06-19 17:00:00 0.876145 1.396825 1.211356

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-25 17:00:00 4.215747 4.215747 3.838021
2021-06-24 17:00:00 2.277657 2.277657 3.973277
2021-06-23 17:00:00 4.538905 4.538905 4.176641
2021-06-22 17:00:00 3.747454 3.747454 4.503812
2021-06-21 17:00:00 1.660839 1.660839 4.556040
2021-06-20 17:00:00 7.627119 7.627119 4.794132
2021-06-19 17:00:00 5.754717 5.754717 5.141533

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-25 17:00:00 0.675261 0.675261 0.618882
2021-06-24 17:00:00 0.694143 0.694143 0.584349
2021-06-23 17:00:00 0.834879 0.834879 0.624112
2021-06-22 17:00:00 0.227964 0.227964 0.660786
2021-06-21 17:00:00 0.692042 0.692042 0.738930
2021-06-20 17:00:00 0.812274 0.812274 0.769238
2021-06-19 17:00:00 0.731159 0.731159 0.822352

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-25 17:00:00 2.558228 2.558228 3.281215
2021-06-24 17:00:00 2.356902 2.356902 3.428020
2021-06-23 17:00:00 3.938185 3.938185 3.433487
2021-06-22 17:00:00 2.378398 2.378398 3.470763
2021-06-21 17:00:00 3.591044 3.591044 3.581861
2021-06-20 17:00:00 5.308691 5.308691 3.706625
2021-06-19 17:00:00 4.144960 4.144960 3.863391

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-25 17:00:00 1.028655 1.028655 1.200690
2021-06-24 17:00:00 1.407365 1.407365 1.197701
2021-06-23 17:00:00 1.082720 1.082720 1.250282
2021-06-22 17:00:00 0.519967 1.185524 1.254394
2021-06-21 17:00:00 2.304147 0.954806 1.284736
2021-06-20 17:00:00 1.380176 1.380176 1.354783
2021-06-19 17:00:00 1.347240 1.347240 1.452898

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-25 17:00:00 3.470032 3.470032 2.410081
2021-06-24 17:00:00 1.927195 1.927195 2.512459
2021-06-23 17:00:00 2.152080 3.424658 2.508122
2021-06-22 17:00:00 1.400000 1.400000 2.581541
2021-06-21 17:00:00 1.428571 1.428571 2.599464
2021-06-20 17:00:00 6.699752 2.729529 2.626311
2021-06-19 17:00:00 1.980198 1.980198 2.747011

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-25 17:00:00 4.854369 1.941748 1.490433
2021-06-24 17:00:00 1.769912 1.769912 1.571644
2021-06-23 17:00:00 1.030928 1.030928 1.562998
2021-06-22 17:00:00 0.961538 0.961538 1.596931
2021-06-21 17:00:00 0.000000 0.000000 1.617139
2021-06-20 17:00:00 1.951220 1.951220 1.585021
2021-06-19 17:00:00 1.657459 2.764977 1.590417

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-25 17:00:00 2.530730 2.530730 2.664151
2021-06-24 17:00:00 1.902174 1.902174 2.706482
2021-06-23 17:00:00 2.323376 2.323376 2.794882
2021-06-22 17:00:00 4.109589 4.109589 2.902665
2021-06-21 17:00:00 0.778210 0.778210 3.091409
2021-06-20 17:00:00 1.893664 1.893664 3.311038
2021-06-19 17:00:00 3.393798 3.393798 3.489891

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 1.424288 1.424288 1.833756
Basilicata 2.749141 2.749141 4.617145
Calabria 1.817335 1.817335 2.116222
Campania 5.153949 5.153949 6.977905
Emilia-Romagna 4.552716 4.552716 4.714812
Friuli Venezia Giulia 1.936108 1.936108 1.401004
Lazio 3.067071 3.067071 2.869701
Liguria 0.682594 0.682594 1.062710
Lombardia 1.087221 1.087221 1.133895
Marche 1.591187 1.591187 1.511198
Molise 1.036269 1.036269 1.195033
P.A. Bolzano 3.030303 3.030303 3.416775
P.A. Trento 1.111111 1.111111 0.873512
Piemonte 0.695134 0.695134 0.861034
Puglia 4.215747 4.215747 3.838021
Sardegna 0.675261 0.675261 0.618882
Sicilia 2.558228 2.558228 3.281215
Toscana 1.028655 1.028655 1.200690
Umbria 3.470032 3.470032 2.410081
Valle d'Aosta 4.854369 1.941748 1.490433
Veneto 2.530730 2.530730 2.664151

© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

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